Tinggal di wilayah yang rawan gempa membuat kita harus selalu siap apabila tiba-tiba gempa bumi terjadi. Pembelajaran standar operasional prosedur gempa bumi perlu diberikan kepada seluruh warga sekolah agar ketika terjadi gempa bumi seluruh warga sekolah tanggap, tanggon dan trengginas menghadapi bahaya. Dalam rangka memperingati hari Kesiapsiagaan Bencana Nasional yang diperingati setiap tanggal 26 April 2024, SMKN 6 Yogyakarta mengadakan latihan simulasi bencana. Kegiatan ini diikuti oleh sebagian guru, karyawan serta peserta didik.